Posebno obeležje i prirodnu odliku kanjona reke Mileševke čine divljina, surovost, vrletnost, nepristupačnost, dubina ponora mestimično i preko 300 metara, jer se strane gotovo vertikalno spuštaju prema rečnom dnu. Juni je mesec sa najviše padavina, prosečno 100 mm, a godišnji prosek je 800 mm. Snežni pokrivač debljine 10 cm zadržava se 60 dana u području kanjona Mileševke. Nad stenovitim i vrletnim koritom Mileševke uzdiže se stasita i vižljasta reliktna biljka – Pančićeva omorika, koja opsenjuje svojom izdašnošću i ugasitim zelenilom i udahnjuje život planinskog kraja.
Pančićeva omorika, tisa, pitomi kesten, orah, crni grab i jela su samo neke od 317 biljnih vrsta još nedovoljno istražene klisure Mileševke. Na području strmih stena kanjona Mileševke žive medved, vuk, divokoza i druge retke životinjske vrste Evrope.
U prekrasnim i divljim klisurama Mileševke se do pre jedne decenije mogao sresti starešina supova, jedan od najvećih ptica grabljivica na svetu. Ova jedinstvena i u svetu retka ptica, težine 13 kg i rasponom krila od 3 metra, predstavlja „evropskog kondora“. Rezervat reke Mileševke dužine 7 km danas predstavlja carstvo ptica grabljivica. Do sada je u kanjonu Mileševke zabeleženo 19 dnevnih i 9 noćnih vrsta, zajedno sa klisurom reke Uvac, koja se nalazi u neposrednoj blizini.
U kanjonu Mileševke se gnezde beloglavi sup, patuljasta sova, uralska sova, patuljasti orao, kraški i sivi soko, vrste koje se retko gde mogu videti u Srbiji.